刑事拘留案卷在公安局主要进行归档保管等处理。公安局会将案卷材料进行系统整理，包括拘留决定书、讯问笔录、证据材料等，按照法定程序和要求装订成册。这些案卷将作为案件办理过程的重要记录，在后续的侦查、审查起诉等阶段都可能被调用和审查。同时，公安局会对案卷进行妥善保管，确保其安全、完整，防止遗失或篡改。在案件办理完毕后，根据不同情况，案卷可能会转入检察院或其他相关部门，继续参与法律程序的推进。总之，刑事拘留案卷的处理是公安局依法履行职责的重要环节，对于保障司法公正和案件顺利办理具有重要意义。
刑事拘留案件终结后，通常会有以下几种处理方式。若经侦查，犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，会移送检察机关审查起诉。检察机关审查后，符合起诉条件的，会向法院提起公诉，由法院进行审判。若经侦查，发现不应当对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，会撤销案件，释放犯罪嫌疑人。或者案件虽已侦查终结，但犯罪嫌疑人在逃的，会继续追捕，待抓获后再作处理。总之，刑事拘留案件终结后的处理取决于案件的具体情况和证据等因素，以确保法律的公正实施。